En España, con motivo del primer encuentro «de religiones abrahámicas» celebrado en Córdoba, en 1987, expresó Ignacio Ellacuría públicamente la necesidad de encontrar una perspectiva y unas bases comunes para superar positivamente los conflictos nacionales e internacionales.
Su ponencia en aquel encuentro fue un «Aporte de la teología de la Liberación a las religiones abrahámicas en la superación del individualismo y el positivismo». De hecho, ese mismo año durante el verano, con motivo de unas Jornadas de reflexión y diálogo celebradas en la Biblioteca de la Universidad Iberoamericana de La Rábida (Huelva), sobre las implicaciones sociales y políticas de la Teología de la Liberación, Ignacio Ellacuría volvería a reiterarla misma idea, instando a la reconciliación salvadoreña, con el fin de hacer posible un proceso de democracia real y de convivencia pacífica. En esos momentos, España y Europa eran el lugar idóneo para expresar en alta voz su pensamiento, con el fin de que llegara a los Centros de decisión y de poder Internacional.
A primeros de noviembre de 1989 Ellacuría recibía en Barcelona el Premio de la Fundación Comín, otorgado a la UCA de San Salvador. Mientras, el Gobierno de aquel país temía no poder frenar la presión de la Guerrilla en la propia capital de San Salvador. Ellacuría adelantó su regreso a El Salvador sobre el 13 de noviembre, para intentar mediar una vez más en pro de la paz y la convivencia. Pero, como altavoz de la Teología de la Liberación, dado su prestigio intelectual y su valiente denuncia de la situación del país, como defensor de la liberación del pueblo y de las mayorías populares, se había granjeado la enemistad de algunos sectores financieros y militares que le amenazaron con insistencia para callar su voz.
El 16 de noviembre de 1989 fue asesinado por soldados salvadoreños del propio Ejército Nacional, en la residencia de la Universidad, junto con los jesuitas Ignacio Martín Baró, Segundo Montes, Armando López, Juan Ramón Moreno, Joaquín López y López. Fueron también vilmente asesinadas Elba Julia Ramos, persona al servicio de la Residencia, y la hija de ésta, Celina, de 15 años. En la actualidad, el cuerpo de Ignacio Ellacuría yace enterrado en la capilla de la UCA.
Su obra Filosofía de la Realidad histórica fue publicada post mortem por el profesor de Filosofía Antonio González. En ella queda patente «a modo de conclusión» que «la verdad de la realidad no es lo ya hecho; eso sólo es una parte de la realidad. Si no nos volvemos a lo que está haciéndose y a lo que está por hacer, se nos escapa la verdad de la realidad…» El texto reproduce lo dicho en un ensayo de Ellacuría sobre «el objeto de la filosofía». Para Ignacio Ellacuría «hay que hacer la verdad… hacer aquella realidad que, en juego de praxis y teoría, se muestra como verdadera.»
En definitiva esa fue la constante intelectual y la práctica de Ignacio Ellacuría: tener claro que «la realidad y la verdad han de hacerse y descubrirse, y que han de hacerse y descubrirse en la complejidad colectiva y sucesiva de la historia, de la humanidad». Ese fue, sin duda, el objeto de su pensamiento y de su acción y compromiso en la praxis histórica de su vida.
Desde Senatus Trianae, tras esta aportación de uno de sus miembros, entendemos que ese es el nuevo horizonte de final de año 2021. La realidad, en la que históricamente nos encontramos, se nos presenta compleja, dinámica y abierta. Necesitamos, pues, de una praxis comprometida de transformación y de solidaridad internacional por el camino de la paz.